En el año 1493, entre los meses de abril y septiembre, los reyes de España y sus sucesores recibieron la donación de las tierras conquistadas y por conquistar en occidente, por parte del propio papa Alejandro VI, con el cargo de evangelizarlas.
Las instituciones religiosas en América dependían por el Real Patronato Indiano, otorgado por el Papa Julio II, en el año 1508, de la corona española, que tomaba intervención en la designación de las autoridades religiosas y sostenía el culto económicamente, pagando sus servicios a los religiosos y construyendo iglesias y catedrales. También contaba con donaciones de los fieles y los diezmos. Estos últimos eran una contribución forzada, impuesta a los fieles, consistentes en un 10 % de su producción agropecuaria destinada a solventar los gastos religiosos. En América el ejercicio del Real Patronato lo ejercía el Consejo de Indias, con residencia en España. O sea, que la autoridad civil y religiosa se unificaban en el estado español, por propia concesión papal.
Aproximadamente fueron 110 religiosos los que llegaron anualmente a tierras americanas a cumplir su misión evangelizadora, que podía incluso incluir la fuerza en caso de guerra justa, tesis sustentada por Francisco de Vitoria, perteneciente a la orden de los dominicos, que la consideró como recurso extremo, en casos de defensa propia, con buena intención y para impedir males mayores, como lo eran los sacrificios humanos.
Para designar a los miembros de la iglesia, el Consejo de Indias, presentaba tres candidatos al Rey, que a su vez se los elevaba al Papa, en el caso de los cargos mayores. En el caso de los cargos menores, la terna la presentaba el Obispo de la diócesis, en este caso al Virrey, al presidente de la Audiencia o al gobernador, que decidían quien sería el elegido, ejerciendo el derecho de Vice-patronato.
El único Arzobispado hasta 1545 fue el de Sevilla. Ese año se crearon los de Santo Domingo, Lima y México.
En 1547 se creó el obispado de Tucumán, en 1570 el de Asunción, y en el año 1620, el de Buenos Aires, que se desprendió del de Asunción. Estaban dirigidos por Obispos, que actuaban como nexo entre el Rey de España y los fieles, para hacerle conocer la situación y las necesidades locales. Todos dependían del Arzobispado de Charcas y poseían Cabildos eclesiásticos, para juzgar a sus miembros y decidir sobre cuestiones de doctrina o culto, y se organizaban en parroquias.
Los Tribunales de la Inquisición, que ya se habían erigido en Europa desde el siglo XIII, y específicamente en España (Sevilla) en 1480, llegaron a América, en el año 1570, y se instalaron en Lima y en México. Un nuevo tribunal se erigió en Cartagena, en el año 1610. Al igual que los otros tribunales de esta especie, tenían como finalidad perseguir a los herejes, y de controlar la moral pública. Censuraban libros y costumbres. Sus procedimientos fueron crueles como todos los tribunales de este tipo, aplicando frecuentemente la tortura y penas graduales que iban desde la multa, pasando por los azotes, la prisión y por último el destierro. No aplicaban la pena de muerte, que en caso de considerarse que correspondía, era ejecutada por los tribunales civiles. De todos modos, no hubo muchos casos de aplicación de esta medida extrema en territorio americano.
Las sentencias de los tribunales eclesiásticos podían ser recurridas ante la Audiencia.
Junto al clero secular al que nos hemos referido, o sea aquellos religiosos que vivían dentro de una determinada sociedad, inmersos en sus problemas cotidianos y organizados jerárquicamente a partir de la autoridad del Papa, llegaron también las órdenes religiosas, cuya actividad se concentró en sus conventos y seguían ciertas reglas (de allí el nombre de regular). Entre estas órdenes que llegaron a América estaban los franciscanos, los dominicos, los agustinos, los mercedarios, los jerónimos y los agustinos. Más tarde llegó a América la Compañía de Jesús, cuyo fundador fue San Ignacio de Loyola.
Entre los miembros del clero secular se destacó por su misión evangelizadora y en defensa de los naturales, Santo Toribio de Mogrovejo, arzobispo de Lima, a partir de 1581 y hasta su muerte en 1606. El Tercer Concilio de Lima celebrado entre 1582 y 1583, se debe a sus auspicios, donde se trató de eliminar los abusos sobre los aborígenes, y de estrictas normas de disciplinas que afectaban al clero.
Los conflictos de competencia entre los miembros del clero regular y secular fueron frecuentes, aunque las órdenes religiosas se dedicaron sobre todo a la evangelización de los nativos, y a la función social creando escuelas e instituciones sanitarias.
Los temas de incumbencia de la iglesia fueron, además de la evangelización, que fue su tarea primordial, varios asuntos referentes al estado civil, como llevar el registro de los nacimientos, con sus bautismos correspondientes, los matrimonios y las muertes, lo que se hacía constar en los registros parroquiales.
La enseñanza quedó bajo su autoridad, en todos los niveles (primaria, secundaria y universitaria, fundándose en la América Hispánica un total de 33 universidades). Fundaron también asilos, orfanatos y hospitales.
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